依公教人員保險法規定，被保險人在申請留職停薪（服兵役除外）時，應選擇於留職停薪期間退保或自付全部保險費（含自付及補助兩部分）繼續加保；一經選定後，不得變更。有關續保者及退保者保險權益，分述如下：
(一)續保者
1.育嬰留職停薪被保險人，僅需繳納自付部分保險費，並得選擇按月或遞延3年繳納。
2.非育嬰留職停薪被保險人，需按月繳納全部保險費。
3.留職停薪期間繳納保險費年資，列計為保險有效年資。
4.留職停薪期間如發生失能、死亡、眷屬喪葬、生育及育嬰留職停薪等保險事故，得請領保險給付。
5.留職停薪期間參加其他職域社會保險者，應自重複加保之日起60日內，申請溯自參加其他職域社會保險之日起退保，並得退還所繳保險費，退出後不得再選擇加保。未申請退保或逾限申請者，其重複加保期間發生保險事故，不予給付；該段年資除得併計成就請領養老給付之條件外，亦不予採認；所繳保險費，不予退還。
6.被保險人於續保期間逾60日未繳納保險費或未繳納依法遞延繳納之自付部分保險費者，應溯自未繳納保險費之日起視為退保。其於欠繳保險費期間發生保險事故所領取之保險給付，應依法追還。
(二)退保者
1.留職停薪期間，不得列計保險年資。
2.留職停薪期間如發生保險事故，不得請領保險給付。